নৌপরিবহন মন্ত্রণালয়ের অধীনে নৌপরিবহন অধিদপ্তর একটি রেগুলেটরি সংস্থা। সংস্থাটি ১৯৭৬ সালে স্থাপিত হয়। মহাপরিচালক অধিদপ্তরের প্রধান হিসেবে কার্য পরিচালনা করেন। সংস্থাটি মেরিটাইম প্রশাসন হিসাবে অভ্যন্তরীণ নৌযান এবং সমুদ্রগামী জাহাজের নিরাপত্তা ও পরিবেশ দূষণ রোধে কার্যক্রম গ্রহণ ছাড়াও জাহাজে কর্মরত কর্মকর্তা ও কর্মচারীদের প্রশিক্ষণ ও সনদায়ন এবং নৌ-বাণিজ্যের উন্নয়ন কার্যক্রম বাস্তবায়ন করে থাকে। Inland Shipping Ordinance (ISO) 1976, Merchant Shipping Ordiance (MSO) 1983, বাংলাদেশ পতাকাবাহী জাহাজ (স্বার্থরক্ষা) আইন, ২০১৯ ও বাংলদেশ বাতিঘর আইন, ২০২০ এবং এর আওতায় প্রণীত বিধিমালা এবং আন্তর্জাতিক মেরিটাইম কনভেনশন বাস্তবায়নের মাধ্যমে এই অধিদপ্তর কার্যক্রম পরিচালনা করে থাকে। ১৯৭৬ সনে অধিদপ্তরের গঠন, এবং ১৯৮৩ সনে এনাম কমিটির রিপোর্ট এবং পরবর্তী সরকারী আদেশ অনুযায়ী নৌপরিবহন অধিদপ্তরের নিয়ন্ত্রণে নিম্নলিখিত অফিস সমূহ রয়েছে।
